聚丙烯酰胺等電聚焦電泳色譜儀是利用蛋白質具有不同等電點的特性，以聚丙烯酰胺為電泳支持物，在其中加入載體兩性電解質（一種含有各種連續pI的小分子混合物）的電泳分離技術。載體兩性電解質是一系列多氨基多羧基的混合物，pI = 3～11。在制備聚丙烯酰胺凝膠時，將其混溶其中。

在沒有電場時，載體兩性電解質的pH值是該溶液pH范圍的平均值，所有載體兩性電解質分子都荷電。

當引入電場時，載體兩性電解質分子向陰極或陽極遷移，帶有最低等電點的分子（荷最多負電）最快地向陽極移動，當它達到凈電荷為零的位置時才停止。這個位置靠近陽極，由于它具有高的緩沖能力，使環境溶液的pH等于分子本身的pI。一些低pI的載體兩性電解質（荷其次多的負電）也向陽極移動，直到它的凈電荷減少到零時才停止。同樣，其周圍環境溶液的pH值也等于它本身的pI。依次類推，所有載體兩性電解質分子將分別在陽極和陰極之間到達它們自己的位置，從而形成pH梯度。

載體兩性電解質在電場作用下，按各自pI形成從陽極到陰極逐漸增加的平滑和連續的pH梯度，蛋白質在此pH梯度凝膠中泳動，當遷移至pH值等于pI處時不再泳動，被濃縮成狹窄的區帶。

   

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